W 2024 roku prof. Michał Kaczmarczyk został ekspertem Kancelarii Prezesa Rady Ministrów ds. oceny ofert w konkursach grantowych. Jest także ekspertem Fundacji na rzecz Nauki Polskiej oraz ekspertem międzynarodowym instytucji zagranicznych - Kosovo Accreditation Agency (KAA) i Agency for Control and Quality Assurance of Higher Education (ACQAHE) w Czarnogórze. Do 2024 roku był ekspertem Narodowego Instytutu Wolności - Centrum Rozwoju Społeczeństwa Obywatelskiego. Członek zespołów jurorskich prestiżowych konkursów popularnonaukowych - Poznań Science Slam i Warsaw Science Slam. Koordynator współpracy Fundacji Rozwoju Edukacji i Szkolnictwa Wyższego z Uniwersytetem w Oksfordzie.   

Od 2021 roku prof. Michał Kaczmarczyk jest ekspertem zewnętrznym Departamentu Innowacji i Polityki Przemysłowej Ministerstwa Rozwoju i Technologii (został wybrany na członka Grupy Roboczej ds. Krajowych Inteligentnych Specjalizacji przy Ministerstwie). W tym samym roku został członkiem Zespołu Eksperckiego ds. opracowania Strategii Rozwoju Miasta Sosnowca 2030+, powołanego przez Prezydenta Miasta Sosnowca Arkadiusza Chęcińskiego. Uczestniczył także, jako ekspert zewnętrzny, w opracowywaniu Programu Rozwoju Turystyki Miasta Jastrzębie-Zdrój (na zaproszenie Prezydent Miasta, Anny Hetman). 

Od 2010 roku prof. Michał Kaczmarczyk jest stałym ekspertem ogólnopolskiej Fundacji Rozwoju Edukacji i Szkolnictwa Wyższego w zakresie prawa o szkolnictwie wyższym, jakości kształcenia i polityki oświatowej. Z ramienia Fundacji zasiada w kapitułach ogólnopolskich konkursów jakości: „Uczelnia Liderów”, „Samorządowy Lider Edukacji” oraz „Studia z Przyszłością”. Jako ewaluator Fundacji od 2011 roku ocenia politykę oświatową polskich samorządów i jakość kształcenia w szkołach wyższych. Dokonywał ewaluacji takich samorządów jak m.in. Wrocław, Kraków, Gdynia, Sopot, Katowice, Kalisz, Gdańsk i Poznań. Oceniał również jakość kształcenia w takich uczelniach jak Uniwersytet Jagielloński, Uniwersytet Warszawski, Collegium Civitas, Uniwersytet Łódzki, Uniwersytet Gdański i Uniwersytet Adama Mickiewicza w Poznaniu.    

W latach 2019-2021 roku pełnił funkcję Przewodniczącego Rady Programowej Konkursu na Najlepszego Ucznia Rzeczypospolitej Polskiej „Uczeń z Pasją”, a obecnie jest członkiem Kapituły tego Konkursu. Celem konkursu jest nagradzanie i promowanie uczniów szkół średnich z całej Polski, którzy posiadają dobre wyniki w nauce, a ponadto  wyróżniają się znaczącymi osiągnięciami wykraczającymi poza program nauczania, w szczególności: sportowymi, artystycznymi, naukowymi lub społecznymi. Wręczenie Nagrody i tytułu „Uczeń z Pasją” odbywa się w rezydencji Polskiej Akademii Nauk w Jabłonnie pod Warszawą, gdzie mają miejsce najbardziej prestiżowe polskie wydarzenia naukowe, w tym konferencje, seminaria i festiwale nauki organizowane przez PAN.

W latach 2012-2014 prof. Michał Kaczmarczyk pełnił funkcję eksperta Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego - członka zespołu przyznającego Stypendia za wybitne wyniki w nauce dla studentów i doktorantów (z rekomendacji Rady Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego).

Był ekspertem Polskiej Agencji Rozwoju Przedsiębiorczości w ramach Pilotażu "Wsparcie na pierwsze wdrożenie wynalazku" w ramach osi priorytetowej 4 "Inwestycje w innowacyjne" Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka.

Jest Przewodniczącym Kapituły Konkursu o Zagłębiowską Nagrodę "Humanitas", organizowanego przez Akademię Humanitas w Sosnowcu. Celem Konkursu jest promowanie regionalnych osiągnięć kulturalnych, naukowych i gospodarczych oraz integrowanie mieszkańców Zagłębia wokół wartości lokalnych. Zagłębiowska Nagroda „Humanitas” przyznawana jest osobom fizycznym, instytucjom i organizacjom, które swoją działalnością przyczyniają się do promowania Zagłębia, umacniania lokalnej tożsamości i tworzenia fundamentów społeczeństwa obywatelskiego. W Kapitule zasiadają prezydenci miast z terenu Zagłębia, naukowcy, ludzie kultury i dziennikarze.

Był członkiem Zespołu Ekspertów opracowujących projekt "Jakość w zarządzaniu uczelnią", realizowany w ramach grantu Narodowego Centrum Badań i Rozwoju. Przewodniczył również Zespołowi Eksperckiemu ds. Wdrożenia Krajowych Ram Kwalifikacji w Wyższej Szkole Humanitas (2010). Jako ekspert tego zespołu był współautorem 2 programów kształcenia, które wygrały w „Konkursie o milion”, zorganizowanym przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego i zostały ocenione jako jedne z najbardziej innowacyjnych i nowoczesnych programów studiów w Polsce. Jest również autorem pięciu innych programów kształcenia w szkolnictwie wyższym, w tym m.in. programu studiów na kierunku zarządzanie w Pradze w Czechach. 

Od 2006 roku prof. Michał Kaczmarczyk prowadzi własną firmę szkoleniowo-doradczą, świadczącą usługi na rzecz przedsiębiorstw, samorządów i placówek oświatowych. Szkolił i doradza samorządowcom, dyrektorom szkół, przedsiębiorcom i menedżerom organizacji pozarządowych.

Od 2010 roku jest członkiem zarządu Fundacji „Humanitas” - think tanku Wyższej Szkoły Humanitas.